紅白錦鯉：日本文正時代(1804—1829)，新瀉地區對變異的鯉魚進行了篩選培育和改良，培育出帶有網狀斑紋的淺黃和別光鯉。天寶年間(1830—1843)，培育出了白底紅色碎花紋的紅白錦鯉，大正六年(1917年)，廣井國藏培育出了真的也是原始的紅白錦鯉，這是錦鯉一個劃時代的創舉，后來經過高野淺藏和新野太郎吉的改良，紅白鯉的紅質和白質有了較大的提高。之后，由新野友又衛門于昭和十五年(1940)培育出友又衛門系、紋次郎系；廣井介之丞于昭和十六年(1941)培育出五左衛門系；左騰武平太于昭和二十七年(1952)培育出武平太系。但是這些還是紅質很淡的原始種。現在出名的紅白錦鯉有仙助系、萬藏系和大日系，分別由網作太郎于昭和二十九年(1954)、川上太郎于昭和三十五年(1960)、間野實于昭和四十五年(1970)培育出來的。

大正三色：大正初年，養殖紅白錦鯉在日本盛行。在小千古市浦柄有一間錦鯉店，店名叫平右衛門，店主叫佐藤平太郎，他培育出的紅白非常好，但有一些魚身上出現一些黑色，佐藤怕影響自己的聲譽，就雇人偷偷的把這些有黑斑的魚埋掉了。這件事被人暗中看到，于是花錢在賣魚的工人手上買到幾尾，在回家途中被郵遞員青木澤太看到了，于是又為青木澤太偷偷買了幾尾。青木澤太與青木軍之吉兄弟二人用這幾尾魚，培育出了綠中帶青、像五彩蠟燭般的三色錦鯉。后來由于死了一尾雄魚，青木澤太便將一雌一雄兩尾親魚賣給了郵局局長新野榮三郎。新野榮三郎于大正四年(1915)培育帶有黑斑、大正三色。后經不斷改良，又培育出了寅藏三色、定藏三色、甚兵衛三色、吉內三色和松之助三色。這些都是非常漂亮的大正三色改良種。

昭和錦鯉：于昭和二年(一九二七年)由星野重吉氏江黃寫及紅白配合創出。早期昭和三色的紅斑是橙色的，后經小林富次氏配以彌五左衛門紅白，成功地將其紅色改良成現在這樣鮮艷濃厚。

錦鯉以“紅白”、“大正三色”、“昭和三色”為具代表性的品種，俗稱“御三家”。

其他如黃金鯉、德國鯉、緋鯉及其他變種鯉都可稱為錦鯉。錦鯉的種類中有“德國紅白”、“德國三色”或“秋翠”、“菊水”等德國系統的錦鯉，因此常被人誤解的德國也生產觀賞用的錦鯉。其實德國鯉只供食用，惟有少數被改良成少鱗或無鱗的鯉魚，其原種為黑色。日本人將此種德國鯉與日本錦鯉交配而產生德國種的觀賞鯉。